A ses débuts, l’association était agréée par l’Etat « Fonds Local Emploi Solidarité ». L’Etat mettait à disposition un fonds financier destiné aux Contrats Emplois Solidarité (CES) que l’association devait gérer.En 2005, la Loi N°2005-32 de programmation pour la cohésion sociale entraine des changements tels que la suppression de l’aide pour les fonds de formation et la suppression des CES au profit des Contrats d’Accompagnement dans l’Emploi (CAE).
Pour continuer de financer les formations des CAE, sans le fonds de l’Etat, l’AFAPCA a dû trouver d’autres sources de financements.
En 2010, le Contrat Unique d’Insertion (CUI) entre en vigueur et remplace les contrats issus de la Loi de 2005, puis, en 2018, le CUI est supprimé au profit du Contrat Emploi Compétences (CEC). En plus de gérer un fonds pour les contrats aidés (CEC), depuis 2010, l’AFAPCA gère des fonds pour les personnes en contrat à durée déterminée d’insertion (CDDI).
